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La fachada principal traduce al exterior la organización en tres naves y la cubierta a dos aguas. Recuerda la de Agua Santas en la distribución horizontal y vertical de sus elementos, aunque aquí presentan detalles más originales. Está verticalmente dividida en tres calles por dos contrafuertes con columnas adosadas que llegan hasta la parte superior y horizontalmente por una imposta lisa. Las columnas están rematadas por dos conjuntos animales: una loba amamantando a sus crías y lucha de animales. Sobre el contrafuerte derecho se eleva una torrecilla circular. En la parte superior se abren tres rosetones muy funcionales. Los laterales se cobijan bajo los arcos del contrafuerte. Remata la fachada, en forma de piñón, una cruz en el vértice.

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En el primer cuerpo de la calle central se abre la portada principal, bajo un quitalluvias de pequeños arcos y metopas de rosetas. Está formada por cuatro arquivoltas. La más exterior es abilletada y no tiene columna y las otras tres llevan nervaduras. Las columnas centrales son estriadas y las laterales lisas. Sus capiteles son vegetales y de entrelazos. En el tímpano liso se abre una ventana rectangular que llama desagradablemente la atención por su inusual y extraña ubicación. Debajo de la ventana se halla la casi ilegible inscripción que nos recuerda la fecha de la edificación: 1164. Dos mochetas animales sostienen el tímpano (Imagen 4).

Las fachadas norte y sur presentan cinco arcos que cobijan sus respectivas ventanitas de baquetón y en las que se advierte a primera vista la influencia compostelana, ya mencionada en San Pelayo de Diomondi (Lugo) .La puerta que se abre en el muro norte ofrece en general gran parecido con la principal y revela el mismo autor. En este caso posee sólo dos arquivoltas .Los capiteles son florales y entre sus hojas aparecen cabezas de animales y hombres. La semejanza la acentúa la presencia del quitalluvias (Imagen 5).

La cabecera está oculta en parte por la sacristía aunque se aprecia gran parte del ábside central y el del Evangelio. El central está dividido en tramos por columnas sobre cuyos capiteles se apoya el alero, en los que se abren ventanas de arcos de medio punto. Sus capiteles son vegetales. Sobre el ábside central se abre un bello rosetón calado. Termina esta parte posterior, al igual que la fachada principal, en forma de piñón con una cruz en el vértice. Es un conjunto armonioso (Imagen 1).

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El templo es de planta basilical, con tres naves y tres ábsides (Imagen 11). Los arcos formeros que separan las naves son apuntados y sobre ellos se apoya un falso triforio, como en Aguas Santas y Acibeiro, siendo Junquera la que mejor representa esta distribución común. Este bello triforio formado por proporcionada arquería de arcos de medio punto que apean en columnas geminadas exentas y que manifiesta de nuevo la influencia de Compostela, podría haber correspondido con unas galerías superiores de madera, en todo caso hoy desaparecidas. Tiene cubierta de madera a dos aguas apoyada en arcos fajones apuntados que arrancan , al igual que los formeros, de semicolumnas adosadas a los grandes pilares cuadrados que dividen las naves y que poseen capiteles mayoritariamente vegetales y geométricos, aunque en el falso triforio los hay zoomorfos (Imágenes 7 y 8).

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El ábside central se abre a través de un arco triunfal de medio punto que se alza sobre un par de columnas acodilladas y que da paso al presbiterio recto con arquería ciega a ambos lados y cubierto por bóveda de cañón. La zona absidal posee una arcada corrida de cinco arcos situada entre dos impostas. La bóveda de cascarón parte de la imposta superior (Imagen 6).

El claustro actual data de principios del S XVI. Está formado por un sólo cuerpo con elegantes arcadas que conservan gran parte de su tracería gótica tardía (Imágenes 9 y 10).

En una pequeña plazoleta a la que se accede por un arco del SXVI se encuentra el antiguo palacio prioral, frente a la cabecera de la colegiata. En la actualidad es la residencia de los mercedarios (Imágenes 2 y 3).