Una vez traspasada la puerta de las Vírgenes nos hallamos en lo que fue en su momento brazo sur del transepto del templo primitivo (Ver plano actual). La imagen 1 está tomada desde la puerta de acceso al templo moderno. Frente a nosotros el lienzo sur del transepto, con su ventana decorada con arquivolta y capiteles y enmarcada el alfiz. Bajo ella, imposta de ajedrezado jaqués y el acceso moderno a la capilla de Santo Domingo, del siglo XVIII. A nuestra derecha el lado interior de la puerta de las Vírgenes, y a nuestra izquierda el resto de lo que fue absidiolo, con su bóveda de cuarto de esfera cuya embocadura ha devenido en portada de acceso a sacristía.
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La decoración (repicada) del guardapolvo del absidiolo debió de ser de ajedrezado (Imágenes 2 y 3). De este tramo original pesrsisten el vano del lienzo sur y detalle del mismo y su alfiz (Imágenes 4 y 5). Vemos en esta zona abundantes cadenas de los cautivos liberados milagrosamente por la intercesión de santo Domingo, que aquí las traían como agradecimiento al santo.
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Los capiteles de la ventanita mencionada, dada su altura y oscuridad, no son fáciles de observar. Pero con paciencia y teleobjetivo, podemos hacernos una idea de los mismos (imágenes 6 y 7). El de nuestra izquierda, deteriorado, repite el motivo visto al exterior a base de dos personas dominando sendas fieras por medio de una cuerda pasada por sus fauces. Y frente a él, hay otro que muestra una lucha cuerpo a cuerpo entre dos personas, un poco al modo de lo visto en San Isidoro de León. Este capitel conserva policromía en las caras de los luchadores. También hay restos de pintura en el intrados del arco del ventanal.
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El interior de la iglesia monástica, obra moderna de Ventura Rodríguez, es digna y de cuidadas formas. Pero lo que transmite al aficionado al románico es el sentimiento de tristeza y pena por haber demolido la anterior. Es una lástima que tuvieran posibilidades económicas para hacerlo y no lo hiciesen. La orientación litúrgica se ha invertido, de forma que se reza mirando a occidente. Y la portada de acceso abre al este en una especie de contraábside que recuerda al original en esa ubicación.