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Los orígenes de del monasterio de Suso van unidos a la vida de san Millán, que da nombre al pueblo y al monasterio.
Nace Millán o Emiliano en Berceo en el año 473 de una familia campesina y se dedica al pastoreo de ovejas. A los veinte años, sumido en un sueño místico, un ángel le indica el camino de los riscos de Bilibio (Haro) en los que un ermitaño de nombre Félix o Felices le instruirá para que siga su ejemplo. Regresa a los montes en los que había cuidado sus rebaños y se refugia en cuevas durante cuarenta años, llevando una vida ascética.
Su modo de vida cobra fama de santidad y Dídimo, obispo de Tarazona, lo llama para ser ordenado sacerdote. Acusado de malversación de fondos porque entregaba las donaciones de la parroquia a los necesitados, fue destituido por el obispo. De nuevo vuelve a sus montes y vive como ermitaño solitario, mientras va creciendo su aureola de santo. Comienzan a acudir peregrinos a conocerle y otros eremitas se quedaron para seguir sus enseñanzas. Fundó un cenobio masculino con sus discípulos Aselo, Gerancio, Citonato y Sofronio y otro femenino con Potamia y Oria. Vivían en cuevas excavadas en la peña y en una de ellas construyeron un oratorio primitivo.
Murió en el año 574 con 101 años de edad y fue enterrado en el suelo del oratorio. No dejó nada escrito, pero en el año 650 San Braulio, obispo de Zaragoza, que conocía de boca de su hermano Froniano, monje en la Cogolla, los relatos del santo, escribió en un latín comprensible para el pueblo, la primera biografía de san Millán.
Con la vida eremítica de san Millán se inaugura la historia de Suso. Y la evolución de la vida religiosa existente en cada etapa de su cronología (eremítica, cenobítica y monástica), marcarán las diferentes transformaciones constructivas que el edificio experimenta (cuevas, cenobio visigótico, monasterio mozárabe y ampliaciones románicas). Este cruce de culturas se aprecia claramente en la actualidad. (Imagen 1).

En el NO. se encuentra la necrópolis. Los mismos monjes labraban sus sepulturas. En diferentes niveles las cuevas están pobladas de tumbas. Se descubrieron más de ciento veinte sepulcros de seis estilos diferentes, todos ellos orientados al E.
Todavía vivía san Millán (S VI) cuando se construyó un pequeño edificio o cenobio con seis arcos de herradura, todos desiguales y de diferentes alturas. En la cueva más oriental o de Santa Oria, en recuerdo al lugar donde la santa tuvo sus visiones místicas hay una pequeña hornacina visigoda que sirvió de altar por lo que sería el ábside del "templo visigótico". A la cueva le seguirían una nave de dos tramos cuadrados, orientada de norte a sur. (Imagen 12 , color azul)
En la segunda cueva hay tres hornacinas visigodas. En la del centro, una pequeña oquedad servía de Sagrario o Tabernáculo. Y en la tercera , la más occidental, no hay más que una piedra rodada para tapar la grieta.

Durante la dominación musulmana parece que existió actividad cenobial en La Cogolla, según algunos protocolos de su escritorio, pero fue a partir de la conquista de Nájera en 923, cuando resurge el monasterio con monjes mozárabes
Entre los años 938 y 952, se habla del monasterio de San Millán como de un atrio. El norte del atrio, estaba ocupado por un pórtico formado por los tres arcos de herradura que actualmente separan las dos naves de la iglesia mozárabe ,encima de los cuales se sitúa una galería de seis arcos de herradura más pequeños, debiendo existir otra similar al sur, que se cerró cuando se construyó la iglesia mozárabe. (Imagen 5 y 11).

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En 959 el rey García Sánchez de Nájera y Pamplona consagró la "basílica de San Millán" que debía corresponder a la iglesia mozárabe, constituida en el primer cuerpo por los dos tramos cuadrados de la nave visigoda que se cubrieron con bóvedas esquifadas de ocho bovedillas curvas, y un segundo cuerpo de dos naves separadas por la triple arquería en "arco de triunfo". La comunicación entre el doble cuadrado y su nave correspondiente se hace a través de sendos arcos de herradura. El que está orientado al norte (Imagen 4) resulta desproporcionado con relación al que se abre al sur (Imagen 6). En esta misma imagen se observa la columna recubierta de azulejos con una ventanita a través de la cual se puede tocar el madero que alargó milagrosamente san Millán. La construcción mozárabe se hizo con sillares de caliza mal tallados, revestidos de estuco sobre los que se dibujaron falsas juntas de sillares. (Imagen 12, color amarillo)

La torre de planta cuadrada sobre la nave visigoda es también mozárabe. Se presenta al exterior como la superposición de volúmenes prismáticos, característicos de la arquitectura musulmana. (Imagen 2) Los modillones que soportan los aleros están decorados con los mismos motivos que los capiteles de la puerta sur. Los hay con un apéndice triangular adosado en el centro y otros de rollos (Imagen 3), semejantes a los de la mezquita de Córdoba y similares a los de Santa María de Lebeña (Cantabria). En 1002 la basílica mozárabe fue incendiada por Almanzor. Los monjes la reconstruyeron inmediatamente.

En el primer tercio del siglo XI, durante el reinado de Sancho el Mayor, se amplió la iglesia en estilo románico, prolongando las dos naves mozárabes con un quiebro en planta para mantenerla pegada a la roca y cubriendo las naves con bóvedas de cañón, que descansan en los muros y en los arcos de medio punto en el centro de las naves. (Imágenes 11 y 12, en color rojo).

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En el S XII se reformó la cueva central dividiéndola en dos estancias, la capilla sepulcral, donde se conserva la tapa del sepulcro (lauda) de san Millán a la izquierda y el oratorio con los tres altares tipo hornacina en el lateral derecho, siendo el central, según la tradición, el altar visigodo que utilizó san Millán. El cenotafio del santo es un enorme bloque de alabastro negro, en donde aparece el anacoreta yacente , y a sus pies y alrededor peregrinos y discípulos. Ambas estancias se separan por un arco que apea en dos columnas pareadas adosadas a una pilastra contra la roca de la cueva. Los capiteles poseen decoración vegetal. El acceso a la gruta se realiza a través de arco de medio punto con la mismas características que el anterior: columnas pareadas adosadas y capiteles vegetales (Imagen 10 y 12, en color negro).Esta solución de columnas pareadas nos recuerda la de la catedral de Santo Domingo de la Calzada, de tipo languedociano muy de moda en La Rioja en el S XII.

Se accede al templo por la puerta del muro sur (Imagen 7), que se halla protegida por un pórtico empedrado que representa una alfombra mozárabe del S XI, con dos esvásticas y una flor de cuatro hojas. Este lugar se conoce como "portalejo de Gonzalo de Berceo", ya que fue ahí donde en sus últimos años, escribió la vida de santa Oria (Imagen 1). Alineados a la izquierda se hallan los siete sepulcros de los Infantes de Lara y el de su maestro en el centro. Y a la derecha los enterramientos de tres reinas de Navarra (Imagen 12).

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La puerta de entrada presenta arco de herradura con un peralte de dos tercios, sin clave, cuyas impostas descansaban en un par de columnas triples adosadas, de las que sólo se conservan tres con sus capiteles (Imagen 8). Los capiteles de las dos columnas de la izquierda son de alabastro de estilo califal, tallados a bisel y decorados con motivos vegetales, geométricos, sogas, cruces y esváticas, estando rematados en pencas (Imagen 9). El capitel de la derecha está peor conservado.

A mediados del S XI el rey García Sánchez mandó construir en Nájera el Monasterio de Santa María la Real y al rey, al obispo y a los nobles les pareció conveniente trasladar las reliquias del santo a dicha iglesia. La Crónica Najerense cuenta que, una vez cargados los restos de san Millán en un carruaje tirado por bueyes. Cuando la comitiva había bajado al valle, los animales se pararon y no hubo fuerza humana que los hiciera avanzar ni retroceder. El rey entendió que era un aviso del cielo y decidió construir un monasterio en el lugar en el que se habían detenido los bueyes: El Monasterio de San Millán de Yuso. Consagrándose en 1067, siendo trasladados los restos de san Millán a su emplazamiento definitivo.

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Este monasterio del primer románico fue demolido durante los S XVI y S XVII, a medida que se construía el actual, donde se conserva un tesoro de la eboraria románica: Parte de los marfiles que decoraban la segunda arqueta que en S XI contenía los restos del santo. Los restantes están destruidos o dispersos en diversos museos extranjeros. Están situados en una reproducción de la segunda arqueta en la que 1067 se colocaron sus reliquias. La realizaron en los talleres Granda de Madrid en 1944. (Imagen 14). El original de la segunda arqueta se conserva en muy mal estado pero afortunadamente nos muestra la maravillosa tela oriental que la forra (Imagen 13).

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