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Poco después, la independencia de la nueva fundación fue amenazada por una tentativa de afiliación a la abadía de San Juan de las Abadesas, pero el Obispo de Lodêve, confirma la libertad de los doce canónigos y de su prior que dependerán únicamente de la autoridad diocesana.
En el curso de los siglos siguientes el priorato que detentaba el señorío de la villa, obtiene una creciente importancia y adquiere numerosos bienes en el Conflent y en la Cerdeña. Durante la segunda mitad del S XII los agustinos reconstruyen la iglesia que se convierte en parroquia. Su declive comienza en el S XV, pero hasta la revolución el prior quedará como señor de Corneilla.
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Del S XI se conserva la torre y los muros norte y sur. Del S XII, la fachada, la cabecera, así como las bóvedas de cañón que cubren las tres naves. El transepto, también de esta época, tiene cinco ábsides, de los que sólo es visible al exterior, el principal. Sufrió remodelaciones y añadidos en los S XIV, S XVI (Imágenes 3 y 4) .
La torre cuadrada es un buen ejemplo de torre rosellonesa de estilo lombardo. Comparte la elegancia y finura de sus vecinas de Cuixá y Canigó. Está construida con un pequeño aparejo bastante regular. Unas pilastras estrechas la refuerzan en toda su altura y en sus cuatro caras. Están unidas entre ellas en los niveles de cada cuerpo por bandas de cinco arquitos (Imagen 6) .
En el cuerpo inferior no hay ningún vano. En el primer cuerpo tiene una tronera. En el segundo tiene en cada cara dos ventanas con derrame exterior. En el tercero un gran vano de medio punto y sobre ellos dos pequeños óculos ( Imágenes 5, 7 y 8) .
Adosado al muro norte y por debajo del nivel actual, quedan los muros exteriores del claustro. Tenía una galería única apoyada contra la nave con dos grandes puertas laterales y en el centro una tercera puerta con dos ventanas.
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Exteriormente la cabecera posee un bello aparejo de granito. Existe un gran contraste entre los lisos paramentos del transepto y la riqueza decorativa del ábside (Imagen 1). El ábside está coronado por una cornisa cuyos elementos se encuentran frecuentemente en las iglesias catalanas del S XII: una serie de pequeños arcos de medio punto sostenidos por canecillos decorados con monstruos y máscaras humanas. Sobre ellos un friso de dientes de engranaje, muy típicos en toda la zona (Imágenes 9, 10 y 11) .
Otra segunda banda de dientes de engranaje, a manera de imposta, rodea al ábside y sirve de guardapolvo a las tres ventanas . Las columnas y toros de sus arquivoltas son de mármol blanco ( Imagen 2).
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