Al interior, el templo se halla completamente encalado. Su estado es bueno en líneas generales; pero transmite lo que en efecto sufre: un total abandono derivado de su falta de uso litúrgico.
Es notablemente oscuro en su cabecera, puesto que no hay vanos en el ábside, y los dos que abren en el muro sur, lo hacen en la nave y son de pequeña apertura. El de poniente, ha sido ampliado al interior para suplir esta circunstancia, sin conseguirlo.
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Se estructura su planta en cabecera y nave. La primera se compone de un amplio presbiterio delimitado por sendos arcos fajones de medio punto que apean por medio de capiteles lisos en semicolumnas adosadas. Las posteriores apean en basas áticas (imagen 5) muy bien trabajadas y retrepadas en altos plintos (Imagen 1). Las anteriores han sido modificadas, quizá eliminando sus basas y plintos. En la actualidad se continúan con añadido de cemento imitando a la semicolumna. También los capiteles de este arco cercano al ábside han sido rebajados, pareciendo continuar, lisos, su fajón. En el lado sur, se ha repicado el encalado para sacar una pintura, que por estar en zona donde se rebajó el capitel, no puede más que ser tardía.
El fajón que delimita cabecera y nave, posee dobladura, dando sensación de verdadero arco triunfal. El cilindro absidal no presenta ninguna particularidad. Cubre con cuarto de esfera, y transmite la sensación de poca profundidad, en parte debido a la existencia de fajón y semicolumnas en su unión con el presbiterio.
Cubre el presbiterio con bóveda de medio cañón, mientras que la nave lo hace con medio cañón, certificando su tardío momento de ejecución. La nave se divide en cuatro tramos por medio de tres fajones apuntados. La portada abre en el segundo tramo. Frente a ella se abrió capilla gótica cubierta con bóveda de crucería. En el primer tramo, abre ventanas derramado. Otro lo hace en el tercero, siendo notablemente aspìllerado y sin apenas derrame. Una serie de capillas excavadas en el muro acogen diversos altares. Recorre la nave imposta biselada continuando los ábacos de los capiteles.
A los pies del templo, en el tercer tramo, se realizó coro alto de fábrica al que se accede por escalera de piedra en el ángulo noroeste del templo. Frente a la escalera, en semipenumbra se halla la pila bautismal. Es de sencilla hechura, sin decoración esculpida y conserva restos de pintura en su fondo. La base sobre la que se eleva, es de fecha posterior (Imágenes 6 y 7).
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Por una estrecha escalerita de piedra en el ángulo suroeste del coro, se asciende al espacio recrecido del templo que oculta la cubierta primitiva del mismo. Un entramado de puntales afianzan la cubierta "nueva", haciéndola descargar sobre la primitiva, con el riesgo que ello comporta para su estabilidad (Imagen 9). Es una extraña sensación el caminar sobre el tejado original del templo. Sus recias losas de piedra transmiten sensación de solidez. Evidentemente se hicieron para perdurar.
La cabecera tiene un tratamiento específico. Su hechura es perfecta. No en vano es la zona del templo de mayos trascendencia y a la que se dedica también en lo arquitectónico más atención (Imágenes 9 y 10).
He de decir que este es un templo que se había pasado por completo, tanto en esta obra, como en otras de tanta envergadura como la de Aramendía. Repasando hace un par de días un buen libro sobre castillos de Adolfo Castán, caí en el "castillo de Marcén", en el que cita su iglesia románica del XII-XIII. Hoy la he visitado y la ofrezco para su conocimiento.