Acostumbrado al modo tradicional de templo románico en el que los espacios se estructuran al modo usual a base de cabecera y nave, claustro adosado y cementerio, Eunate rompe por completo tus esquemas. Hay de todo lo enumerado; pero dispuesto de otra forma. Hay templo con su nave y su cabecera; pero la nave es un espacio abovedado octogonal que le da aspecto de faro, ninguneando al cilindro absidal. Hay claustro, del que se conserva el perímetro de una de sus arquerías circundando al templo. Debió de haber otra más exterior, y entre ambas bajo cubierta, los enterramientos de los peregrinos que murieron mientras recorrían el Camino (Ver planta).

Fue iglesia del hospital de peregrinos fundado por los caballeros templarios para socorrer dar cobijo y sepultura a aquellos que lo necesitasen. Su origen se remonta hacia principios del XII, quizá en torno al 1170 cuando más auge edificativo hubo en la zona. Etimológicamente derivado del euskera, Eunate significa "cien puertas" quizá en alusión a las arquerías que lo circundan. También hay opiniones que hacen encajar lo dicho en el lenguaje culto; pero que en realidad deriva del término coloquial "Ona ate" es decir "La buena puerta" como definición del punto de sublimación hacia lo sobrenatural.

La iglesia se orienta en dirección sureste. Su núcleo central lo conforman ocho lienzos. En los situados a levante y poniente abren, respectivamente, el cilindro absidal y una sencilla portada. Hay otra portada mucho más elaborada en el lienzo norte. De los otros cinco lienzos, uno es liso-el del lado sur de la cabecera- y los otros cuatro lucen arcada ciega, en dos casos apuntada y en otros dos de medio punto, apeada en columnas con sus capiteles. Los ábacos de aquéllos se prolongan por medio de impostas imple- Los lienzos decorados con arco apuntado -al norte de la cabecera y el del lado sur- poseen ventanal rehundido decorado con una arquivolta de baquetón y capiteles con sus columnitas al modo jaqués. También are una tercera ventana sobre la puerta occidental.