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El interior del templo muestra un aspecto extrañamente alargado. Siete tramos separados por fajones a los que se han eliminado columnas en ocasiones, para abrir las capillas laterales. Fajones y bóveda son apuntados, como corresponde al momento tardío de su hechura.
En la imagen 1, el grupo de locos del románico, escuchando atentos las explicaciones de la guía. La cabecera plana del templo queda oculta por completo tras el retablo plateresco dedicado a la Magdalena, obra del escultor Domingo de Segura realizado entre los años 1552 y 1556.
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Levantar la vista hacia lo alto de la bóveda es sorprenderse por la notable desviación del eje de la nave, así como por la ausencia de paralelismo de los fajones. Como dice la frase popular, "Está más torcida que la pata de un perro". A los pies del templo, coro alto en piedra sobre bóveda de crucería gótica.
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Los capiteles del templo en que apean los fajones, se decoran con escenas de la infancia y vida pública de Cristo, además de otros con motivos vegetales (Imágenes 5 a 8).
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