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El interior del templo presenta una cuidada proporción en sus volúmenes. Y a pesar de no ser un templo de grandes dimensiones, transmite bien el espíritu cisterciense del que ya comienza a aparecer por muchos de sus elementos edificativos.
Por ejemplo, en el refuerzo a base de nervaduras que decoran la bóveda del ábside central al modo de lo visto en las Cinco Villas aragonesas según modelo francés ensayado en San Gil de Luna, o en el navarro monasterio de la Oliva, entre otros.
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A la nave transepto abren los tres ábsides de la cabecera del templo que se estructura en torno a dos pilares cruciformes con semicolumnas adosadas rematadas en capiteles sobre los que voltean los torales apuntados del crucero, y otras de menor diámetro en los ángulos para apeo de los refuerzos de su bóveda de crucería (Imagen 10).
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La cabecera central está precedida de un arco triunfal que es a la vez toral. Tras él, un alargado presbiterio (Imágenes 8 y 9) de bóveda de medio cañón apuntado, intercomunicado con los correspondientes a los ábsides menores por sendos vanos apuntados de pequeñas dimensiones.
La mesa del altar está sustentada por una serie de columnillas decoradas con capiteles y basas de delicada hechura (Imagen 6).
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Y en el ábside central, tres ventanales derramados decorados con una arquivolta con sus columnillas y capiteles. Y cuatro fajones alzados sobre semicolumnas adosadas y capiteles. Dos de ellos forman un fajón al converger en la clave, y en ella lo hacen también los otros dos (Imágenes 1 y 8).
Los ábsides laterales muestran asimismo un arco triunfal apuntado en la porción más externa del presbiterio, que es relativamente corto comparado con el central. Cilindro absidal centrado por ventanal derramado y bóveda de medio cañón sobre imposta simple completan su hechura (Imagen 11).
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La decoración de los seis capiteles del ábside central es sencilla, a base de motivos geométricos entrelazados, a excepción de dos de ellos en los que vemos sendas parejas de caballos y bueyes a modo de yuntas (Imágenes 14 y 15).
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