La cabecera del templo la componen sus tres cilindro absidales precedidos por sus presbiterios enmarcados por sendos arcos triunfales doblados y apuntados. Una imposta biselada delimita paramentos verticales de bóvedas de cuarto de esfera. Tres ventanales en el central y uno en cada lateral iluminan generosamente la cabecera.
Es destacable el juego de colores propiciado por la alternancia de dovelas de colores claros y rojizos en el abside central que evocan modelos cordobeses (Imagen 3).
1
Quedan restos de pinturas del XVII en las bóvedas absidales (Imágenes 5 y 6). Hay en el ábside central una talla de la virgen sedente con niño tardorrománica, del S XIII (Imagen 8).
Los capiteles del templo son austeros, siguiendo el modo cisterciense. Sencillas decoraciones foliadas con sus vértices enrollados y vueltos al exterior o piñas en su lugar son modelo extendido en esta época (Imágenes 7 y 9).
Contrasta con el gran capitel que sustenta la mesa del altar (Imagen 1) de estilo clásico, mucho más elaborado a base de volutas rematadas en bolas jaquesas. No es de este templo, Procede del templo de Santa Eulalia de Villela, próximo a Nogales de Pisuerga y es de hechura similar a lo visto en Frómista o Jaca, ya en línea del "Románico Dinástico".
En el ábside norte, se halla -evidentemente fuera de sitio- la pila bautismal. Troncocónica y con una sencilla decoración a base de doble incisión cerca de su borde libre en la que hallamos dibujos geométricos a base de óvalos y cuadraditos rodeados de puntos (Imágenes 10 y 11).
En la liturgia románica, la pila bautismal se situaba en un principio fuera del templo, a los pies del mismo, para que una vez purificado el neófito, avanzase hacia la luz de la cabecera. Posteriormente se situaba dentro del templo; pero las más de las veces cerca del muro de poniente. Enabsoluto en el altar, lugar destinado a los ritos dedicados al santo a quien se dedicase el mismo.
Pero el caso es que aquí había un precioso altar tardorrománico de talla policromada, que se "trasplantó" al Museo Diocesano de Burgos y su vacío se llenó con el baptisterio.