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Al interior, el templo es de planta rectangular, acabado en cabecera plana, que se redecoró al gusto gótico. Guarda el arco triunfal a base de semicolumna adosada y fajón doblado, flanqueado por sendas columnillas de las que arrancan baquetones acompañantes del fajón. Los capiteles son de hechura muy sencilla y aspecto tardío (Imagen 8).
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Pero la pieza estrella al interior es sin duda la pila bautismal. Situada al lado norte de la cabecera, es de perfil troncocónico y en ella se repiten de forma más tosca, los componentes del genial friso que hemos visto en la portada. Cristo y sus Apóstoles bajo arquillos lobulados decoran la superficie de la pila. La sección de su borde superior, también se decoró con motivos vegetales (Imágenes 1 y 10 a 12).
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En los capiteles del exterior del pórtico, se ha querido ver al incomparable Maestro de Agüero; pero cuando se ha visto la obra de aquél, no hay comparación posible. Solo hay similitud en la temática de bailarinas y personajes que tocan instrumentos musicales. Y ahí acaba todo.
Bajo el friso, que sobresale de la longitud total del cuerpo adelantado de la portada, un par de ménsulas decoradas contribuyen a sustentarlo. La del lado este muestra la lucha de un caballero con cota de malla contra monstruo serpentiforme. Lucha eterna entre el bien y el mal. Al otro lado un personaje con orejas de asno nos mira (Imágenes 6 y 7).
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Sobre la pila bautismal, hay una bella talla de San Juan Bautista, patrono del templo, que porta un Agnus Dei; de aspecto absolutamente naif (Imagen 9).
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