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Los Agustinos permanecen hasta el SXIII que fueron sustituidos por los templarios que desaparecerían a principios del S XIV al ser suprimida la orden. Parece que regresan los canónigos regulares y en el S XVI Aguas Santas cae en la ruina igual que otras casas de agustinos. Felipe II la incorpora al patronato real y en el SXVII pasa al servicio del obispo de Orense. En lugar existe un palacio episcopal utilizado como residencia en algunas ocasiones. En el S XIX se convierte en parroquia.
Es pues un templo edificado entre finales del S XII y principios del S XIII, siguiendo un estilo uniforme y paralelo al próximo de Junquera de Ambía, del que recibió grandes influencias. Al igual que él tiene planta basilical de tres naves y cabecera triple (Imagen 10).
Lo primero que contemplamos es la fachada occidental, dividida en tres calles por cuatro contrafuertes; dos bordeando la calle central y los otros dos en los extremos. Una imposta corrida a media altura divide la fachada en dos tramos horizontales. La puerta en la calle central, posee tímpano liso y dos arquivoltas apuntadas que apean en dos pares de columnas acodilladas con capiteles con motivos vegetales bien trabajados (Imagen 3).

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Por encima de una imposta decorada con pequeñas bolas que une los contrafuertes centrales, un arco de medio punto decorado cobija la puerta y sobre él se abre un bello rosetón lobulado que a su función decorativa une la de iluminar la nave central (Imagen 4). Dos rosetones, de menor tamaño, y con los mismos fines, están situados en las calles laterales.
El cuerpo central está coronado por una torre del S XVIII y las laterales por una especie de cupulines que rematan los cuerpos semicirculares que albergan dos escaleras interiores. Estos pequeños torreones nos recuerdan una construcción militar, dado que fueron los templarios quienes concluyeron la iglesia. Es manifiesta en esta fachada la relación con Junquera de Ambía, aunque aquí con criterios más avanzados.
En los muros norte y sur, cuatro arcos ciegos apoyados en contrafuertes reciben el empuje de los arcos interiores. En cada vano se abre una ventana y bajo la tercera encontramos la clásica puerta norte del románico gallego (Imagen 2). Los del lado sur están semiocultos por una dependencia adosada con posterioridad (Imagen 1). Esta distribución de influencia compostelana se aprecia en otra iglesias gallegas como: San Juan y San Nicolás de Puerto Marín, San Esteban de Ribas de Sil y San Pelayo de Diomondi.
Lo que más destaca en el exterior es su armoniosa cabecera de tres ábsides. El central, más saliente, tiene cinco lienzos, divididos por cuatro semicolumnas adosadas cuyos capiteles llegan hasta el alero. Los dos extremos son rectos y a ellos se unen los ábsides laterales. Los tres centrales corresponden al hemiciclo y presentan sendas ventanas con una arquivolta de medio punto apeada en finas columnillas.
Los ábsides laterales carecen de semicolumnas y poseen una especie de nicho en la unión con el central y una ventana. Por encima de los ábsides queda un amplio espacio, donde en perfecta simetría con la fachada, se abren tres rosetones que iluminan el interior a la vez que decoran el hastial oriental, que acaba en formad de piñón rematado por una cruz (Imágenes 1 y 2).
Al noroeste de la cabecera, una imagen típica y sorprendente en el S XXI: un lavadero. Las señoras que lavaban sus ropas nos confesaron que les encantaba hacerlo allí , mejor que en casa con la lavadora. (Imagen 5).

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Traspasada la puerta nos encontramos con una iglesia de tres naves y cuatro tramos, separados por tres pares de pilares cruciformes con semicolumnas adosadas en las cuatro direcciones. De ellas parten los arcos formeros y los arcos fajones que curiosamente soportan una hermosa techumbre de madera del siglo XV. Son todos arcos apuntados doblados. Los formeros no llegan hasta la armadura, sino que, por encima de ellos, como en Junquera de Ambía, corre una falsa galería o triforio, elemento que caracteriza de una manera peculiar estos templos (Imagen 7).
La arquería está formada por cuatro tramos de tres arcos, sobre cuatro pares de columnas geminadas, dos en el interior y dos adosadas a la prolongación de las pilastras. Los capiteles tienen escasa ornamentación. Este triforio, en el que encontramos influjo compostelano, desempeña en el edificio un papel importantísimo a nivel funciona y ornamental. Las series de arcadas, dan esbeltez y elegancia , evitando la sensación de pesadez de los muros lisos. Las columnas que sostienen los arcos fajones suben hasta el inicio del triforio. Una imposta corrida marca la separación de los dos pisos. A ambos lados del capitel que sostiene el arco formero existen dos pequeños capiteles con fines sólo decorativos. Son influencia de la catedral de Orense y se repetirán en otras iglesias gallegas (Imagen 8).
A los tres ábsides se accede a través de arcos apuntados que arrancan de columnas adosadas. En el central un pequeño presbiterio da paso al hemiciclo que se cubre con una curiosa bóveda de cascarón con concavidades a modo de nichos triangulares. Dos impostas corridas delimitan las tres ventanas. Es bellísimo el efecto de la luz tamizada por el rosetón (Imagen 6).
A los pies de la nave del Evangelio se encuentra una lisa y sencilla pila bautismal románica (Imagen 9).
En Aguas Santas se advierten las influencias compostelanas a través de Junquera de Ambía y la de la catedral orensana, pero en un momento de transición. Se siente añoranza por el pasado, más se impone lo cisterciense.