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Al interior, advertimos la estructura a base de tres naves organizada base de parejas de pilastras de sección cruciforme con semicolumnas adosadas marcando los tres tramos de la misma. El ambiente es recoleto y solo la intensa luz de la mañana penetrando por el óculo del hastial ilumina con fuerza el interior (Imagen 1). La cabecera conserva muy bien su estructura inicial, no así la nave, cuyas cubiertas son a dos aguas de madera y las pilastras descritas se interrumpen prácticamente a su mitad. La nave crucero, a la que abren las portadas sur y norte, pasa inadvertida al no existir sus bóvedas, aparentando ser uno más de los tramos de la nave.
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A pesar de ello, el ambiente es de agradable, sobrio y recogido, como corresponde al templo románico zamorano que es. Las embocaduras de los ábsides muestran con su apuntamiento la ejecución ya tardía del templo, así como las bóvedas reforzadas con nervaduras que cubren sus presbiterios (Imágenes 3 y 9).
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Tres ventanales derramados, e intensamente aspillerados, dejan pasar una pequeña cantidad de luz al ábside central. La justa para iluminarlo y permitir apreciar las pinturas que lo decoran (Imágenes 5 a 8). Son obra de época muy posterior a la edificación del mismo. En el cuarto de esfera del altar mayor, hallamos una pintura a gran escala del bautismo de Cristo (Imagen 7).
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Los tres presbiterios se intercomunican por medio de sendos vanos de pequeño porte de arco de medio punto decorados con zig-zag (Imagen 10). En el lado norte del ventanal que ilumina el ábside norte, hallamos un capitel con una arpía con agradable rostro mofletudo (Imagen 11).
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