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Otra de las zonas que se ha conservado perfecta, es el brazo sur de la nave transepto. Una elegante decoración arquitectónica, en combinación con los detalles escultóricos, lo hacen magnífico. En el se conserva en perfecto estado una de las tres puertas de las que dispuso el templo. es la denominada "Puerta del Obispo".
La distribución espacial de la fachada del transepto, es muy cuidada. Tres niveles enmarcados por contrafuertes y resaltados por columnas estriadas de sabor arcáico. Y en cada nivel, vanos de medio punto enmarcando arquivoltas con columnillas y capiteles, y abajo la portada flanqueada por sendos vanos ciegos a modo de hornacinas completan su hechura.
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La portada es sumamente original a causa de la decoración de sus arquivoltas a base de lóbulos cerrados le aportan personalidad. Fue modelo para muchas otras. No puedo dejar de hacer una observación acerca de estos lóbulos: la sección de cada uno de ellos, así como el perfil inciso que lucen en su superficie anterior conforman una figura que se ha dado en llamar "en gorro de bufón" o de doble cuerno, que la hallamos en marcas de cantería y se ha asociado con los templarios (Ver marcas en arquivoltas de la portada oeste de Biota - Huesca).
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Cuatro arquivoltas componen la portada. Apean por medio de ábaco corrido en capiteles decorados con gruesos motivos vegetales. Por debajo columnas con sus basas que se alzan de altos podios a ambos lados de una escalinata.
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En el tímpano del vano-hornacina de nuestra derecha hallamos lo que se ha dado en llamar "Grupo de la Majestad", y que consiste en una escultura de la Virgen sedente bajo arquivolta, con el niño sobre su rodilla izquierda y flanqueada por dos ángeles oferentes. Todo ello bajo ancha arquivolta sumamente recargada por decoración vegetal (Imagen 6). Por debajo encontramos una perjudicada cabecita asomando del muro. Se dice que representa al caudillo infiel que en el X cercó la ciudad y fue derrotado. Era costumbre su lapidación, y así se halla.
